Itämeri-rahastosta tuetaan Itämeren ja sen valuma-alueen ekosysteemien suojeluun liittyvää tieteellistä tutkimusta ja koulutusta sekä kansalaisjärjestöjen Itämeri-yhteistyötä. Rahasto on perustettu yksityisellä lahjoituksella vuonna 2003.
Rahastosta tuetaan erityisesti Itämeren suojeluun liittyviä tutkimuksia ja koulutusta.
Rahastosta on tuettu monia merkittäviä tutkimushankkeita. Viime vuosina tukea ovat saaneet esimerkiksi väitöstutkimukset, joilla selvitetään villin Itämeren lohen suojelua ja palauttamista, haahkoihin kohdistuvan saalistuksen vaikutuksia muuttuvassa ympäristössä sekä Saaristomeren vedenalaisen kasvillisuuden muutoksia tulevaisuudessa.
Tutkimuksen ohella rahastosta on tuettu koulutusta, ympäristökasvatusta ja kirjahankkeita, kuten Itämerestä ja sen suojelusta kertovan koulutusmateriaalin tuottamista, Itämeri-lähettiläiden toimintaa ja opaskirjaa Ahvenanmaan luonto- ja kulttuuripoluista. Tukea ovat saaneet myös uhanalaisten elinympäristöjen ennallistamishankkeet kuten Itämereen laskevien jokien ja purojen ennallistaminen ja kalaston palauttaminen.
Vuosina 2005–2022 rahastosta on jaettu yhteensä 272 620 euroa 90 hankkeelle.